反滲透膜的性能下降主要原因是由于膜表面受到了污染，如表面結垢，抹面堵塞；或是膜本身的物理化學變化而引起的。物理變化主要是由于壓實效應引起膜的透水率下降；化學變化主要是由于pH值的波動引起的，如使醋酸纖維素膜水解；游離氯也會是芳香聚酰胺膜性能惡化。
反滲透膜污染堵塞的主要原因是由于膜面沉積和微生物的滋長而引起的。其中，微生物不僅堵塞膜，還對醋酸纖維素有侵蝕損的作用。因此，在膜內必須保持一定的余氯量，但是余氯太高，又會引起膜性能下降，故在醋酸纖維素膜前保持余氯0.1~0.5mg/L，而在芳香聚酰胺膜前余氯要小于0.1mg/L。
反滲透膜的清洗處理是一個細致而又繁雜的工作，目前國產膜的質量還不夠高，多次清洗膜易損壞。為了減輕清洗工作，必須要搞好前處理，嚴格把好水質關，否則“后患無窮”。
處理的方法是：定期用0.1%甲醛溶液，或100mg/L質量濃度的新潔爾滅循環清洗處理至少1h。已經污染的膜要用2%檸檬酸銨溶液（pH=4~8）進行清洗，或用亞硫酸氫鈉、六聚偏磷酸鈉、稀鹽酸等來防止錳、鐵及碳酸鹽的結垢。有時也用酶洗滌劑對有機物進行清洗。清洗壓力控制在0.34~0.98MPa（3.5~10kgf/cm2），清洗流速為原來水處理流速的2~3倍。
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